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Die Kirche wurde 1212 von Dietrich von Meißen gegründet und vereint die Baustile verschiedener Epochen. Elemente im romanischen Stil, aus der Renaissance und dem Barock finden sich in dem Kirchenbau wieder. Die Thomaskirche ist die Hauptwirkungsstätte des Thomanerchors, welcher ebenfalls 1212 gegründet wurde und einer der bekanntesten Kirchenchore Deutschlands ist.
Für Bach-Fans ist die Kirche der erste Anlaufpunkt in Leipzig. Hier hat Johann Sebastian Bach 27 Jahre als Thomaskantor gewirkt. Im Hof steht das Bach-Denkmal und in einem Grab im Altarraum der Kirche ist der Komponist beigesetzt worden. Im Bosehaus, gegenüber der Kirche, ist ein Bach-Archiv und Bach-Museum zu besichtigen in dem zu zahlreichen Anlässen Bachs Musik erklingt.
Einen weiteren großen Namen verbindet man mit der Thomaskirche in Leipzig. Martin Luther hielt hier anlässlich der Einführung der Reformation im Jahre 1539 eine Pfingstpredigt.